Các tàu đánh cá trái phép, tàu giã cào cũng là nguyên nhân khiến san hô ở Hòn Mun suy kiệt. Nhiều tàu đánh bắt giã cào, quét sạch sinh vật biển từ nhỏ đến lớn, lưới làm san hô gãy đổ, hư hại. Một số người dùng bẫy, thuốc nổ đánh các loại cá, tôm…
Năm 2021 và 6 tháng đầu năm 2022, các đội tuần tra ở vịnh đã ngăn chặn 49 trường hợp khai thác trái phép… Nhiều trường hợp, ban quản lý vịnh phải nhờ đến lực lượng biên phòng, hải đội kết hợp mới xử lý được.